解析：

“旗舰店”是“商店”的一种，它是最高级别的品牌形象展示店，二者属于包容关系中的种属关系。

A项：“黄金水道”是“航线”的一种，它指货运量居世界各河首位的水道，二者属于包容关系中的种属关系，与题干逻辑关系一致，符合；

B项：“劳力士”是“钟表”品牌的一种，而不是“钟表”的一种，二者属于对应关系，排除；

C项：“总统套房”和“标间”是酒店不同的房型，二者属于并列关系，排除；

D项：匠人专门用“金刚钻”在破损的瓷器上钻孔，用来修补碎了的“瓷器”，二者属于工具对应关系，排除。

因此，选择A选项。

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