解析：                

第一步，第一空根据“随着畜牧业的发展……商品饲料的需求量大为增加”可知，工厂式畜牧场发展后粮食需求量增大，也就是上世纪90年代之前，需求量很小。所以第一空应该体现“量小”的含义。辨析选项，A项“达到”5％，C项“超过”5％，D项“大于”5％，都能体现需求量很小。但是“低于”不合适，“没有低于5％”表示需求量大，与文意相左，排除B项。

第二步，再看第二空。根据“商品饲料的需求量大为增加”可知，该空应该有“畜牧场逐渐增多”这一含义。辨析选项，D项“扩充”指扩大充实，通常是内部的扩展，而不是个体的增多，不符合语境，排除。A项“兴盛”指蓬勃发展；C项“兴起”指开始出现并兴盛起来。这两个词皆有“畜牧场逐渐增多”的意思。

第三步，再看第三空。该空所接宾语是“政策”，A项“动摇”一般和“根本”、“军心”等搭配，和“政策”不搭配，排除。“挑战”接“政策”表示对现有政策施加了强大影响，符合搭配。

因此，选择C选项。

END