解析：

第一步，标记“平均”。

第二步，定位表格下半部分，2006年~2008年进出口总额依次为：4937.55亿元、5661.24亿元、5890.90亿元。

第三步，利用平均数=总数÷总个数，可知2006~2008年该省“平均”每年进出口总额为（4937.55+5661.24+5890.90）÷3≈（4900+5700+5900）÷3=16500÷3=5500亿元。

因此，选择D选项。