题目详解:

第一步，确定题干逻辑关系。
       没有“签字”，“合同”就不能生效，“签字”是“合同”生效的必要条件。
第二步，辨析选项。
      A项，先“申请”再“同意”，二者属于时间顺承对应关系，排除；
      B项，“存档”是保存“文件”的方式，二者属于对应关系，排除；
       C项，先“结婚”，后有“婚姻”关系，二者属于时间顺承对应关系，排除；
     D项，没有“盖章”，“毕业证”就不能生效，“盖章”是“毕业证”生效的必要条件，与题干逻辑关系一致，符合。
       因此，选择D选项。